De acordo com a Resolução no. 1 de 2 de fevereiro de 2006, que institui as Diretrizes Curriculares Nacionais para os Cursos de Graduação em Engenharia Agronômica, estes devem apresentar: (i) Núcleo de Conteúdos Básicos, composto dos campos de saber que forneçam o embasamento necessário para que o futuro profissional possa desenvolver seu aprendizado; (ii) Núcleo de Conteúdos Profissionais Essenciais, composto por campos de saber destinados à caracterização de identidade do profissional; (iii) Núcleo de Conteúdos Profissionais Específicos, visando a contribuir para o aperfeiçoamento da habilitação profissional do formando. Comporão os Núcleos Básicos as unidades curriculares que constituem o Núcleo Comum do Bacharelado Interdisciplinar. Tais unidades, referentes às categorias disciplinas de formação, optativas e de cunho ecológico e sócio-humanístico, foram programadas de modo a atender às orientações do Conselho Nacional de Educação (CNE) no que se refere aos Núcleos de Conteúdos Profissionais Essenciais e de Conteúdos Profissionais Específicos.

Ao integralizar o Curso de Agronomia do Programa Institucional de Bioengenharia da UFSJ, o egresso terá cursado uma carga horária mínima de 4236 horas, em atendimento às exigências do CNE. Para essa totalização de carga horária, somaram-se às 2628 horas do Bacharelado Interdisciplinar em Biossistemas, com ênfase em Produção Vegetal, as 1608 horas referentes ao Profissionalizante em Engenharia Agronômica.